Ylistys kekseliäisyydelle

Opiskellessani tässä DNA-sekvensointimenetelmiä tutustuin Sangerin juosteterminaattorimenetelmään ja ällistyin jälleen kerran siitä, kuinka yksinkertaiseen ideaan monet nykytieteen edistyneimmät menetelmät loppujen lopuksi perustuvat.

Vaikka idea on yksinkertainen, ei sitä kuka tahansa olisi keksinyt. Tarvitaan sellaista kekseliäisyyttä, joka kai ilmenee vihaamissani monimutkaisissa ongelmanratkaisutehtävissä.

Sanger oli ensimmäinen kokonaisen genomin emäsjärjestyksen selvittänyt tiedemies, kun hän vuoden 1977 tienoilla sekvensoi erään bakteriofagi-viruksen perimän. Hänen kehittämänsä menetelmä vaatii dideoksinukleotideja, joista en ollut kuullutkaan ennen tätä iltaa :). Ne ovat nukleotideja, joiden sokeriosasta puuttuu paitsi kakkos- myös kolmoshiilestä happiatomi, joten sen kiinnittyminen emäspariinsa estää lisäemästen kiinnittymisen ja juosteen jatkumisen.

Sekvenssi selvitetäänkin sitten ihan elektroforeettisesti, mutta en nyt viitsi selittää koko prosessia. En osaisi selostaa yhtä yksinkertaisesti kuin englanninkielinen Wikipedia.

 tagc
Ahaa, tämän oligonukleotidin emäsjärjestykseen kuuluu mm. pätkä "TAGC". Kuva: John Schmidt.

EDIT (29.9.2008): Heh, nyt ajattelin hieman liian yksinkertaisesti. Jos ylhäällä on molekyylien lähtökuopat, lyhimmät pätkät menevät pisimmälle, eli järjestys on "CGAT". Siis alkuperäisessä juosteessa on ollut sekvenssi "ATCG" suunnassa 3’→5′, jos oikein tulkitsen.

PCR:n alkuaikoina muuten oli hankalaa, kun aina liuoksen lämpötilaa nostettaessa DNA-polymeraasi denaturoitui, osin irreversiibelisti (luennolla kerrottiin). Miten tämä ongelma siis ylitettiin? Keksittiin käyttää Islannin kuumissa lähteissä elävien arkkibakteerien polymeraasia!

Advertisements

Vastaa

Täytä tietosi alle tai klikkaa kuvaketta kirjautuaksesi sisään:

WordPress.com-logo

Olet kommentoimassa WordPress.com -tilin nimissä. Log Out / Muuta )

Twitter-kuva

Olet kommentoimassa Twitter -tilin nimissä. Log Out / Muuta )

Facebook-kuva

Olet kommentoimassa Facebook -tilin nimissä. Log Out / Muuta )

Google+ photo

Olet kommentoimassa Google+ -tilin nimissä. Log Out / Muuta )

Muodostetaan yhteyttä palveluun %s

%d bloggers like this: